Il effectue l’ensemble de sa carrière universitaire au CHRU de Lille. Nommé chef de clinique en 1978, dans le service du Pr Gabriel Decroix, il se destine à l’otologie et à la chirurgie de la base du crâne. Au décès du Pr Decroix, il est nommé à l’agrégation d’ORL dans le service de l’Hôpital Huriez. En 1997, il est nommé chef de service à l’Hôpital Salengro. Il y met en place une unité d’audiophonologie et, sous son impulsion, le service va développer le dépistage de la surdité de l’enfant et surtout l’implantation cochléaire. Il est précurseur en France de l’implant du tronc cérébral et du CROS osseux pour la réhabilitation des cophoses unilatérales. François-Michel Vaneecloo devient chef de pôle et est nommé Professeur de classe exceptionnelle. Il prend sa retraite en septembre 2013.